Aluízio Gonçalves Werneck nasceu no dia 22 de junho de 1948 em Belo Horizonte, onde se graduou em Direito pela Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG). Trabalhou em importantes posições no funcionalismo público como Diretor de Finanças da Cemig e também Secretário da Fazenda da Prefeitura de Contagem, assumindo posteriormente o convite do governador Newton Cardoso para se tornar o décimo segundo presidente da Fundação João Pinheiro. No ano de 1988 tornou-se Presidente da FJP, aonde permaneceu até o ano de 1989.

Apesar da permanência de um pouco mais de um ano na presidência, Aluízio Gonçalves Werneck desenvolveu alguns projetos importantes, para a FJP e para o Estado de Minas Gerais. Foram realizados projetos de estruturação física, como instalações elétricas e encanamento, bem como obras de reparo, conservação, limpeza, segurança, vigilância, correspondência entre outros, tanto nos prédios antigos como novos. Ademais, durante seu mandato também foi executado estudos sobre o Programa Nacional de Irrigação (PRONI) e o Programa Nacional de Conservação de Energia Eletrica e foram implementados o Plano Diretor de Desenvolvimento para o Vale do São Francisco e o Programa Novo Jequitinhonha.

Por fim, em 1989 ocorre a fusão do Centro de Economia Aplicada (CEA) e do Centro de Estudos Regionais (CER) resultando na criação do Centro de Estudos Econômicos (CEE). É nesse ano também que a Fundação deixa de ser um órgão especializado em direito privado para se tornar uma instituição de direito público, limitando sua autonomia e flexibilidade.